1996年12月原泉州市公安局肖厝分局成立时,局本部设办公室、政工科、刑警大队、治安大队、预审法制科5个科(室),下设南埔、山腰、后龙、埭港、涂岭5个行政派出所,1个边防大队(含峰尾、沙格2个边防所),1个交警大队(含涂岭、肖厝2个交警中队)和1个消防大队。1997年1月29日,经中共泉州市肖厝工作委员会批准,设立中共泉州市公安局肖厝分局委员会和中共泉州市公安局肖厝分局纪律检查委员会。2001年7月,更名为中共泉州市公安局泉港分局委员会和中共泉州市公安局泉港分局纪律检查委员会。1998年4月局本部增设政保科;1999年8月局本部增设巡警队;1999年12月经上级交警部门批准设立山腰交警中队;2000年3月经上级批准撤销埭港派出所,设立前黄派出所;2000年9月经上级批准设立界山派出所;2000年10月经上级批准,设立上西边防派出所;2000年12月经上级批准,设立狮东边防派出所。
2004年4月,公安机构改革,泉州市公安局泉港分局内设办公室、政工科、装备财务科、指挥中心、信息通信科、公共信息网络安全监察科、法制科、户政管理科、国内安全保卫大队、经济犯罪侦查大队、治安大队、巡逻警察大队、刑事侦查大队、禁毒大队,保留警务督察队牌子,按有关规定设置监察室、机关党办,下辖南埔、涂岭、后龙、界山、前黄、山腰6个派出所和泉港区看守所(待报省厅批准)、治安拘留所,下辖1个边防大队(含峰尾、沙格、上西、狮东4个边防派出所),1个交警大队(含涂岭、肖厝、山腰3个警中队)和1个消防大队。
2012年4月,综合警务改革,经市编委批准,在原泉港分局巡警大队和原泉州市公安局交警支队直属泉港大队的基础上,整合设立泉州市公安局泉港分局交通巡逻警察大队;撤销分局内设的办公室、指挥中心、信息通信科,调整设置为指挥情报中心;法制科更名为法制大队;装备财务科更名为警务保障室。调整后,分局内设政工科、警务保障室、国保大队、经侦大队、治安大队、刑侦大队、禁毒大队、指挥情报中心、法制大队、交通巡逻警察大队、泉港区看守所、泉港区拘留所、户政管理科、公共信息网络安全监察科,下设南埔、山腰、后龙、涂岭、前黄、界山6个行政派出所,1个边防大队(含峰尾、沙格、上西、狮东4个边防派出所)和1个消防大队。
2012年11月,公共信息网络安全监察科更名为公共信息网络安全监察大队;2014年1月,设立出入境管理大队。2015年5月,设立巡特警反恐大队,户政管理科更名为户政管理大队,设立警务督察队,指挥情报中心内设综合室,政工科内设综合股,国保大队内设综合室、一中队,治安大队内设综合室、一中队、二中队,刑侦大队内设综合室、案件审理队、情报信息队、刑事技术队、严重罪案侦查队、案件侦查一队、案件侦查二队、案件侦查三队,经侦大队内设综合室、一中队,法制大队内设信访中队,南埔派出所内设综合室、警务一队、警务二队,涂岭派出所内设综合室、警务一队、警务二队,后龙派出所内设综合室、警务一队、警务二队、警务三队,界山派出所内设综合室、警务一队,前黄派出所内设综合室、警务一队、警务二队,山腰派出所内设综合室、警务一队、警务二队、警务三队,原泉州市公安局泉港分局办公室、国保大队等科级单位下设的其他股级机构和分局指挥中心、信息通信科等股级机构自然撤销。2015年6月,泉州市公安局泉港分局交巡大队划归泉州市公安局交通警察支队,更名为泉州市公安局交通警察支队泉港大队;2015年10月设立山腰派出所法制室、刑侦大队法制室,2016年2月设立巡特警反恐大队龙头岭市际公安检查站。